Кустарник разрастается в основном в ширину. Диаметр раскидистой кроны можжевельника казацкого может достигать 4 м. Максимальная высота взрослого куста — около 1,5 м.
Можжевельник казацкий густо покрыт иголками длиной 4–6 мм. На молодых побегах хвоя заостренная, на более зрелых — чешуйчатая. У иголок можжевельника казацкого есть особенность: если растереть их между пальцами, появляется резкий запах, который может показаться неприятным.
Время, когда казацкий можжевельник начинает цвести, зависит от региона. В южных широтах это апрель-май, в северных — июнь.
Осенью на ветвях можжевельника появляются плоды — нечто среднее между ягодами и шишками. Мясистые шарообразные шишкоягоды окрашены в темно-синий цвет с сизым налетом.